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肠道菌群在营养物质和代谢物的提取、合成和吸收中起看重要作用，包括糖类、脂类、氨基酸、维生素、胆汁酸和短链脂肪酸等。

菌群的变化会影响胃肠道消化吸收、机体能量代谢等过程影响肥胖症、脂肪肝、糖尿病的发生发展。

比外，肠道闲群慈乱导致的肠道屏障功能缺失会为细菌毒素提供入侵通道，诱发慢性炎症反应及胰岛素抵抗。

肠道是免疫活性最强的部位，是人体最重要的免疫器官。约有60%的免疫系统以及超过80%的免疫球蛋白位于肠道黏膜上。

肠道菌群变化引起的“肠道损伤及全身炎症”，可能损害血脑屏障，促进神经炎症、神经损伤，最终导致老年痴呆等神经性病症。

比外，近年来对肠脑的深入研究发现，肠道菌群可以经过改变肠道与大脑信号沟通的神经递质水平，从而影响大酒的功能，包括睡眠、情绪、精神状态等。

国内外均有研究证实，孤独症患者的肠道菌群与健康人群存在显著差异。