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肠道菌群失调的治疗需采取去除病因和给予微生态调节剂的综合措施。具体要做到以下几个方面：

对于特异性病原如志贺菌引起的慢性菌痢，真菌引起的肠炎、艰难梭状芽孢杆菌引起的假膜性肠炎等，需要选择敏感的抗生素进行治疗；

如果有难以去除的诱因如器官移植后使用免疫抑制剂，肿瘤病人行放疗等，应加强扶正治疗。

因使用抗生素尤其是广谱抗生素导致的菌群失调，要在严密观察下停用广谱抗生素或改用窄谱的敏感抗生素。

改善病人的全身状况和情况与肠道菌群的自身调整有着密切的关系，并且通过各种治疗改善病人的全身状况。

饮食应注意吃些新鲜易消化的食物，一次进食量不宜过多，保证足够的维生素。对腐败性腹泻，可采用高碳水化合物和低蛋白饮食，对发酵性腹泻应采用高蛋白、低碳水化合物饮食。

微生态调节剂的服用，使用微生态制剂的主要目的是提高双歧杆菌、乳酸杆菌等有益菌的含量，恢复肠菌群的平衡。

预防肠道菌群失调的发生，应从机体内外两个方面加强管理。在使用抗生素时，应严格掌握适应症，作药物敏感试验，有针对性地选择最敏感的窄谱抗生素治疗，并尽量肠道外给药，而且用量不宜过大，疗程不宜过长，应杜绝无理由地长期大量使用广谱抗生素。老人、婴幼儿及病后体弱者在使用抗生素或者激素的同时，可以配合使用微生态调节剂和适量补充维生素。

良好的饮食结构和习惯对于维系肠道菌群平衡有着十分重要的意义。笋、薯类、芹菜、茄子等植物中富含膳食纤维，经常食用有益于维持肠道菌群平衡。酸奶等一系列人造含菌食品也可以帮助调节肠道菌群，保证有益细菌的数量和分布。

若已发生肠道菌群失调，甚至出现了相关的临床症状，则必须在对症治疗的基础上寻找并祛除病因。通过调整饮食，改善生活环境，停止使用抗生素，口服益生菌制剂等措施，做到"治标又治本"，才能彻底治愈疾病，重新恢复肠道菌群之间的平衡。

肠道菌群失调是大多数人容易忽视的症状，但因此引发的疾病却会给健康带来灾难性的后果，所以应早点补充益生菌纠正失衡的菌群便能尽早恢复健康提高生活质量。